Ассоциация «ПЭН-Москва» возникла в результате столкновения взглядов на предназначение, стратегию и тактику русской писательской правозащитной организации в Русском ПЕН-центре. В результате конфликта, который достиг в начале 2017 г., из организации исключили журналиста Сергея Пархоменко. И многие деятельные члены Русского ПЕН-центра предпочли в 2016–2018 гг. сами выйти из него, в т. ч. Владимир Войнович, Лев Тимофеев, Лев Рубинштейн, Светлана Алексиевич и др. Некоторые покинувшие организацию литераторы, в частности, прозаики С. Алексиевич, А. Архангельский, М. Вишневецкая, переводчики О.Варшавер и О.Дробот, поэт Л.Рубинштейн, объединились в ассоциацию «Свободное слово», а затем приняли решение создать новую организацию, приверженную как традициям отечественного писательского правозащитного движения, так и духу и букве «Хартии Международного ПЕН-Клуба».
ПЭН-Москва был зарегистрирован Минюстом России в марте 2018 г., а в октябре 2018 г. принят в Международный ПЕН-клуб на 84-м Конгрессе этой организации, проходившем в индийской Пуне.
Наша организация является российским членом Международного ПЕН-клуба, поддерживает контакты с Европейской федерацией журналистов.
Задачи, реализуемые ПЭН-Москва: постоянное наблюдение за ситуацией со свободой слова в России, сбор и анализ информации об ограничениях и нарушениях прав на литературное и журналистское творчество, оповещение как российского общества, так и международных правозащитных и общественных организаций о реальном положении дел в этой области. Работа ПЭН-Москва направлена на защиту свободы слова и людей, творчески работающих со словом (деятелей искусства, блогеров, журналистов и др.), в России и других странах.
Организация выступает с правозащитными инициативами, обращениями и заявлениями (в том числе совместно с Международным ПЕН-клубом и Санкт-Петербургским ПЕН-клубом) в поддержку свободы слова и с осуждением посягательств на нее, против цензуры, публикует доклады (напр., совместный с PEN International и St Petersburg PEN доклад «Жесткое подавление свободы слова в России в 2012–2018 годах») и открытые письма в защиту людей и организаций, чьи права на свободное слово, свободную мысль, свободное высказывание попираются или ограничиваются, устраивает публичные акции в поддержку свободы слова (творческие встречи, презентации, выставки, издания, участие в судебных заседаниях). Эта деятельность ПЭН-Москва отражена на сайте организации.
В числе широко освещаемых в российской и иностранной прессе акций ПЭН-Москва заявления в защиту писателя С. Алекcиевич, историка и общественного деятеля Ю. Дмитриева, филолога Г. Гусейнова, режиссера К. Серебренникова, журналистки С. Прокопьевой, журналистки Е. Милашиной и редакции «Новой газеты», совместное с Международным ПЕН-клубом и Санкт-Петербургским ПЕН-клубом заявление с критикой юридических ограничений свободы слова, заявление о подавлении августовских 2019 г. протестов в Москве, заявление в защиту активистов «Открытой России», заявление по делу «Седьмой студии», совместные заявления c Санкт-Петербургским ПЕН-клубом в поддержку белорусского народа, по поводу многомиллионного штрафа, наложенного на журнал The New Times и др.
Поэтом Л. Обориным составлен поддержанный ПЭН-Москва сборник «Свободные чтения» (М., 2018. 120 с.) по итогу ряда организованных ПЭН-Москва и ассоциацией «Свободное слово» поэтических чтений, в том числе в рамках ежегодного Фестиваля Свободы в Сахаровском центре.
Делегаты ПЭН-Москва принимают участие во всемирных конгрессах писателей. ПЭН-Москва провел ряд международных круглых столов и заседаний с участием руководства Международного ПЕН-клуба.